
Los Caminos del Inca son también bastante conocidos, y es una de las rutas de trekking preferidas por quienes van al santuario de esta forma. Sí requiere, sin embargo, un conocimiento previo de viajes de aventura y caminatas, ya que el viaje puede demorar aproximadamente 4 o hasta 5 días. Parte del Río Vilcanota y pasa por distintos pueblos, paisajes y obstáculos; para finalmente llegar a Machu Picchu.
Una ruta mucho menos conocida, es la que parte desde el distrito de Santa María. Es, sin duda, una de las rutas más baratas, pero no menos bella ni aventurera. Para llegar, es necesario salir de Cusco en un bus que va al distrito de Santa María, en donde uno puede encontrar hospedajes baratos para pasar la noche. Al día siguiente, se sigue el camino que conduce a Santa Teresa, atravesando el río Vilcanota por un puente desde el cual se aprecia los frutales de la zona y los cultivos de café y hoja de coca. Después de una caminata, existe un servicio de tren que llega hasta Aguas Calientes en 45 minutos.